Муха е роден в южноморавското градче Иванчице, тогава част от Австрийската империя, на 24 юли 1860 година в семейството на потомствения лозар Андрей Муха и втората му съпруга (първата починала) Амалия Муха, дъщеря на богат мелничар. След като родила на съпруга си още две дъщери Амалия също починала. Вдовецът се отдал на възпитанието и образованието на децата си, което за времето си, за сам родител, било лукс.

Алфонс, проявява интерес към фолклора, източните религиозни традиции и славянския национализъм (Панславизъм) в условията на „германизиране“ на чешкото население от страна на Хабсбургите. Показал певчески талант още в ранна възраст, през 1871 г. става хорист в катедралата „Св. Петър“ в столицата на южноморавския регион, Бърно. Той започва да учи и в местния лицей, който така и не завършва. Четири години по-късно, той се завръща в родния си град. Баща му обяснява този му неуспех с разклатеното му здраве, но архивите на лицея говорят за „нагли лъжи“ и чести пропуски на богослуженията. Алфонс имал добри оценки единствено по рисуване и пеене. Но освен това, вече седемнадесет годишен, гласът му бил мутирал и се наложило да напусне катедралния хор.

В Иванчице започва работа като чиновник, продължавайки уроците си по рисуване, които междувременно е започнал. Прави неуспешен опит да бъде приет в художествената академия в Прага, от където обявяват, че е лишен от талант, след което заминава за Виена, където от 1879 г. работи за фирма, занимаваща се със сценични декори. Междувременно посещава и вечерни уроци по рисуване, прескачайки от Бърно до Виена. Скоро фирмата за която работи фалира и Муха се залавя с улични портрети, ескизи, стенни инкрустации.

Jan de Visscher (роден 1636, Харлем – 1692-1712, Амстердам) е холандски гравьор от златния век, който в по късен етап от живота си е станал художник.